商标侵权纠纷的处理方式为：由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。
一、侵犯版权怎么告
如果版权被恶意侵犯，可以采取协商、警告、投诉等方式制止侵权行为，也可以直接向人民起诉，追究当事人的责任，要求侵权人赔偿损失。法律明确规定，未经专利权人许可实施专利权所发生的纠纷，即侵犯专利权的，由当事人协商解决。当事人不愿协商或者协商不成的，专利权人可以向起诉，或者请求管理专利工作的部门来进行处理。
二、商标法查封扣押条款
《中华人民共和国商标法》查封扣押条款：侵犯了注册商标的专有使用权并引起争议，则应通过双方协商解决；不愿意协商或者协商失败的，商标注册人或者利害关系人可以向告。也可以向工商行政管理部门提起诉讼，工商行政管理部门认定侵权行为成立后，立即下令停止侵权，没收并销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品的工具，并伪造注册商标，以及非法交易量超过五万违法经营数额不超过五倍的，可以处二十万元以下的罚款。五年内有两次以上商标侵权或者其他严重情况的，从重处罚。出售不知道侵犯注册商标专用权的产品，可以证明该产品是依法获得的，并可以说明提供者，由工商行政管理部门责令停止销售。
三、如何确定侵犯专利权的赔偿数额
专利侵权的赔偿数额应当通过侵权行为人造成的实际损失或者其侵权行为的获利额度进行确定。根据我国《专利法》的规定，未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民起诉。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国商标法》第六十条
有本法第五十七条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。
工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得并说明提供者的，由工商行政管理部门责令停止销售。